Die junge Frau Maria Magdalena (Rooney Mara) lässt ihre Heimat und ihre Familie zurück, um sich einer radikalen sozialen Bewegeung anzuschließen, die von dem charismatischen Jesus of Nazareth (Joaquin Phoenix) angeführt wird. Dieser sichert Maria zu, dass die Welt sich im Wandel befindet, was ihr gerade recht kommt, denn ihr ganzes Leben lang litt sie unter althergebrachten Hierarchien. Als einzige weibliche Jüngerin Jesu bricht sie mit dessen Gefolgschaft, in der sich unter anderem Petrus (Chiwetel Ejiofor) und Judas (Tahar Rahim) befinden, nach Jerusalem auf eine spirituelle Reise auf.